取消证券公司的第三方存管一般需要遵循以下步骤：

1. 确定取消的原因：首先，证券公司需要明确取消第三方存管的原因。可能是因为合作方的服务不符合公司要求，或者公司决定自行承担存管职责等。确定明确的原因能够帮助公司更好地进行后续的取消程序。

2. 审阅合同和协议：证券公司需要仔细审阅与第三方存管之间签订的合同和协议。了解合同中的取消条款和相关细则，确保按照合同规定的程序进行取消。

3. 与第三方存管进行沟通：与第三方存管进行积极的沟通，告知公司的决定并提出取消的请求。双方应该协商解决可能涉及的问题，如未结清款项、证券转移等。

4. 履行合同义务：证券公司需要履行与第三方存管之间的合同义务，包括支付相关费用、提供必要的文件和信息等。确保在解除合同之前，公司已经履行了所有的合同责任。

5. 提交书面通知：根据合同规定，证券公司需要向第三方存管提供书面通知，明确表示公司决定取消存管合作。通知中应包括详细的取消理由、时间和步骤等信息。

6. 解除存管合同：根据合同和协议的规定，证券公司和第三方存管应协商解除合同的具体方式和时间。可能需要进行结算和转移证券等操作。

7. 监管机构备案：在取消第三方存管后，证券公司需要向相关的监管机构进行备案，说明公司已经自行承担存管职责。

需要注意的是，具体的取消流程可能会因为不同的地区、监管要求和合同条款而有所不同。因此，在实施取消操作之前，证券公司应该详细研究相关的法律法规和合同条款，以确保按照适用规定正确地取消第三方存管。