中国铁道部负债的原因主要有以下几点：

1. 巨额投资：中国铁道部作为负责铁路建设和运营的主管部门，需要进行大规模的铁路建设和维护工作。这需要巨额的资金投入，包括土地征收、铁路线路建设、设备采购等方面的支出。

2. 债务偿还：中国铁道部曾经通过发行债券等方式筹集资金用于铁路建设，但由于铁道部的运营收入远远无法覆盖债务偿还的压力，导致债务不断累积。

3. 费用上涨：中国铁道部面临的运营成本不断上涨，包括人工成本、能源价格、设备维护成本等方面的增加，这进一步增加了负债的压力。

4. 运营不善：中国铁道部在过去的一段时间内存在运营不善的问题，包括票务系统不稳定、列车晚点等，这导致了旅客的不满和运营收入的下降，进而增加了负债的风险。

需要注意的是，以上所述仅为中国铁道部负债的一般原因，具体情况可能还受到其他因素的影响。